일본 정부는 5일 우한 코로나 바이러스 감염증 확산을 막기 위해 한국과 중국에서 오는 입국자에 대해 9일부터 3월 말까지 2주간 격리 조치를 취한다고 발표했다. 한국·중국인에게 발급한 기존 비자의 효력도 정지했다. 무비자 입국을 중단하는 한편 신규 비자도 매우 제한적으로 발급하기로 했다. 한국인 입국을 사실상 금지한 것이다. 아베 신조 일본 총리는 이날 국가안전보장회의를 연 후, "(일본 국민의) 불안감을 해소하기 위해 한·중 양국 입국자의 검역을 강화하기로 했다"며 이같이 밝혔다. 이에 대해 정부는 곧바로 일본인 입국자에 대한 격리 등 맞대응 조치를 검토키로 했다.
일본은 경상북도 일부 지역에 체류한 적이 있는 외국인에 대해서는 7일부터 입국 거부 조치를 취하기로 했다. 또 한국발 항공기의 도착 공항을 나리타·간사이로 제한했다. 일본과 한국, 중국을 오가는 선박의 여객 운송도 중단하기로 했다.
김상조 청와대 정책실장은 "일본 발표를 보고 정말 실망했다. 심하게 유감의 뜻을 표한다"며 "6일 정부의 공식적인 입장을 발표할 것"이라고 말했다. 또 다른 정부 당국자는 "일본발 입국자 격리와 일본발 항공기의 착륙 제한 등을 검토하고 있다"고 했다. 외교부는 이날 밤 주한 일본 총괄공사를 불러 항의했다.