손혜원 의원 부친의 독립유공자 선정 특혜 의혹을 수사해 온 검찰이 피우진 보훈처장에 대해 "손 의원에게 부정 청탁을 받았다고 볼 만한 자료가 없다"며 무혐의 처분했다. 손 의원 경우는 '청탁한 사람은 과태료 사안이지 형사처벌 대상은 아니다'라는 이유에서 수사 대상으로 삼지도 않았다. 대신 보훈처 전 보훈예우국장(현 국립대전현충원장)은 국회 제출 자료에서 '손 의원 오빠가 전화로 부친의 유공자 신청을 했다'고 거짓 보고한 걸 문제 삼아 허위 공문서 작성·행사 혐의로 불구속 기소했다.
손 의원 부친 손용우씨는 남로당 활동, 월북 경력으로 과거 6차례 보훈 신청에서 탈락했다가 현 정권에서 독립유공자로 선정됐다. 이 과정에서 손 의원은 작년 2월 국회 의원회관으로 피 처장을 불러 독립유공자 선정 문제를 논의했고, 보훈처는 사회주의 활동을 했어도 유공자 선정이 가능하도록 내규를 바꾼 사실이 드러났다. 전후 사정으로 볼 때 손 의원이 피 처장에게 청탁을 했고 피 처장이 부하들에게 지시해 무리하게 손 의원 부친을 유공자로 선정했다고 보는 것이 상식이다. 그런데도 검찰은 실무 국장은 재판에 넘기면서 손 의원과 피 처장은 불러 사실 확인하는 절차도 없이 혐의가 없거나 처벌 대상이 아니라고 결론 냈다. 부처 국장이 무슨 이득 볼 게 있다고 '북한 공작선을 타고 월북했던 사람'이라는 과거 치안본부 작성 자료를 손에 쥐고 있으면서도 손 의원 부친의 유공자 선정에 관여했겠는가. 검찰은 '증거 자료가 없다'고 했는데 검찰이 한 것이라고는 피 처장과 손 의원에게 서면 질문서를 보낸 것밖에 없다. 두 사람이 '답변을 거부한다'고 알려오자 수사를 끝냈다는 것이다.
검찰은 청와대가 전 정권이 임명한 환경부 산하기관 간부들을 밀어내고 자기들 추천 인사를 임명하려 했던 이른바 '블랙리스트' 사건에서도 청와대 인사수석실 비서관만 불구속 기소하고 상급자인 인사수석은 조사조차 하지 않았다. 교육부 초등학교 국정 사회 교과서 조작 범죄 사실이 드러났을 때 역시 "장차관 모르게 실무자들이 한 것"이라며 과장과 과장 아래 직원만 불구속 기소하고 끝냈다. 유독 이 정권에선 실무자들이 윗분 모르게 '정권 관심사'를 처리하다가 사법 처리 대상이 되는지 알다가도 모를 일이다.