토지나 건물 등의 부동산을 유상으로 양도할 때에는 양도소득세가 과세된다. 양도소득세 계산을 아주 간단하게 요약하면 양도가액(A)에서 취득가액등(B)를 뺀 양도차익(C=A-B)에 장기보유특별공제(D·3년이상 보유시)와 양도소득 기본공제(E·250만원)을 차감한 양도소득 과세표준(F=C-D-E)에 양도소득세율(G)을 곱해서 양도소득 산출세액(H=FXG)이 되는 구조다.
장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 부동산에 대해서 양도차익(C)에 아래 표와 같은 장기보유특별공제율(C')을 곱해서 계산한다. 예를 들어 취득가액 7억원(B)인 건물을 양도가액 10억원(A)에 양도할 때 양도차익(C=A-B)이 3억원이 되는 경우를 가정해보자. 만일 보유기간이 5년이면 양도차익 3억원에 장기보유특별공제율(C') 15%를 곱한 4500만원이 장기보유특별공제(D)금액이 되며, 보유기간이 10년이면 양도차익 3억원에 장기보유특별공제율(C') 30%를 곱한 9000만원이 장기보유특별공제(D)금액이 된다.
만일 상기 건물이 보유기간 10년인 1세대1주택인 경우는 어떻게 적용될까. 이 경우는 양도차익 3억원에 장기보유특별공제율(C') 80%를 곱한 2억4000만원이 장기보유특별공제(D) 금액이 될 수 있다. 다만 1세대 1주택은 양도가액 9억원까지는 비과세가 적용되므로 비과세금액 9억원을 초과하는 1억원에 대해서만 세금이 부과된다. 따라서 양도차익과 장기보유특별공제 모두 전체금액의 10%만 적용시켜 각각 3000만원과 2400만원이 된다. 한편 장기보유특별공제는 미등기자산과 조정지역내 다주택자인 경우에는 적용되지 않으니 주의하여야 한다.