경기도교육청이 안산동산고에 대해 자사고(자율형 사립고) 지정을 취소할지를 교육부와 협의하기로 한 가운데 교육부가 반대해도 교육청이 자사고 지정을 취소할 수 있을지가 주목된다. 쟁점은 '자사고 지정 취소 권한이 누구에게 있느냐'이다. 현행 초중등교육법 시행령 91조 4항은 '교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부 장관과 협의하여야 한다'고 규정하고 있다. 구체적인 협의 절차는 교육부 훈령('자율형 사립고 지정 협의에 관한 훈령')에 정해져 있는데, 이 훈령에서는 '교육부가 부동의로 협의 의견을 낸 학교는 교육감이 지정 취소할 수 없다'고 규정하고 있다. 훈령에 따르면 교육감은 교육부 장관의 의견을 반드시 따라야 하는 것이다.
하지만 민주사회를위한변호사모임(민변)은 "훈령은 상위 법령 범위 내에서 제정되어야 하는데, 자사고 취소에 대해 교육부 장관 의견을 반드시 따르도록 한 교육부 훈령은 자사고 지정 취소 권한을 부여한 상위법인 '초중등교육법' 시행령을 벗어났기 때문에 효력이 없다"고 주장했다. 조희연 서울시교육감도 22일 서울시의회에서 "법적 자문 결과 (지정 취소할 때 교육부와) 협의가 의무이긴 하지만 최종 권한은 교육감에게 있고 교육부가 (교육감 의견을) 거부할 권한은 없다는 게 다수 의견"이라고 말했다.
이에 대해 교육부 측은 "지정 취소 시 '협의'하라는 것은 어느 한쪽이 일방적으로 하지 말고 잘 협조해 결정하라는 의미"라며 "교육감 뜻대로 할 수 있다면 교육부와 협의할 필요가 없을 것"이라고 밝혔다.
이처럼 법에 대한 해석이 엇갈리는 만큼 만약 이재정 교육감이 교육부 장관이 반대하는데도 안산동산고의 자사고 취소를 강행할 경우 법적 공방이 벌어질 가능성이 크다. 교육부 관계자는 "올해 재지정 평가를 하는 전국 11개 시·도의 자사고 중에서 평가를 마무리하지 않은 서울 지역을 제외하고는 재지정 기준 점수에 못 미친 학교는 안산동산고뿐"이라고 말했다.
자사고 지정 취소 문제가 법정으로 간 전례도 있다. 2010년 취임한 진보 성향의 김승환 전북교육감은 전임 교육감 시절 자사고로 지정된 남성고(익산)와 중앙고(군산)에 대해 자사고 지정을 취소했다. 하지만 두 학교가 소송을 제기해 승소했다.