검찰이 서울청 사이버수사대 CCTV 녹취록을 왜곡 편집했다는 주장에 대해 당사자인 서울중앙지검 수사팀은 "속기사들이 풀어낸 방대한 녹취록을 요약 정리하면서 일부 누락된 부분이 있을 수 있지만, CCTV 녹취록의 큰 흐름은 공소사실을 뒷받침 한다"며 "법정에서 다 가려질 것"이라고 해명했다.

서울중앙지검 국정원 특별수사팀 관계자는 18일 본지와 통화에서 "이 사건 핵심은 어느 집 안방에서 살인 사건이 났는데, 경찰이 안방만 수색해보고 살인 증거를 못 찾았다고 발표한 것에 비유할 수 있다"고 말했다. 그는 "부엌에서 살인에 쓰였을 가능성이 있는 칼이 발견되고, 신발장에서 혈흔이 발견됐다면 과학수사팀은 이를 사건 수사팀에 지체 없이 알려야 한다"며 "서울청 사이버수사대가 국정원 사건 수사팀인 수서경찰서에 디지털 증거 분석 결과를 대선 직전이라고 해서 넘기지 않고 지체한 것 자체가 직권 남용이고, 선거에 영향을 주려고 한 것이라고 보고 기소한 것"이라고 말했다. 그는 또 "'쓸데없는 것들 갈아버려'라는 발언에서 '쓸데없는 것들'이 빠진 것은 잘 들리지 않았기 때문이고, 실제 경찰이 100페이지가 넘는 보고서를 갈아버린 사실도 있다"며 "CCTV 녹취록의 전체 맥락은 법원이 알아서 잘 판단할 것이고, 녹취록 외에도 많은 증거들이 있다"고 주장했다.