감사원은 16일 김태영 국방부 장관이 천안함 침몰사건과 관련해 감사원에 직무감사를 요청하겠다고 밝힌 것과 관련, 사망한 장병에 대한 영결식 등 사고 수습이 마무리되는 대로 국방부와 합참, 해군작전사령부 등에 대한 감사에 나설 것으로 알려졌다.
감사원은 김 장관의 요청과는 별도로 이미 군 지휘부의 사건 초기 위기대응 조치의 적절성 여부에 대해 자료를 수집해온 것으로 알려져, 감사 결과에 따라 군 지휘부에 대한 대규모 문책조치도 예상된다. 감사원 관계자는 이날 "국방 분야 감사를 전담하는 행정안전국 3개과 40여명의 감사요원과 공무원 직무감찰을 담당하는 특별조사국 인력을 일부 지원받아 사고 수습이 마무리되는 대로 국방부와 합참 등에 대한 감사에 나설 것"이라고 밝혔다.
이번 감사원 감사는 민관합동조사단이 맡은 사고 원인 조사를 제외하고 ▲사건 직후 군 지휘계통 간의 보고 및 경계태세 발령 등 군의 위기조치 과정과 ▲실종자 구조·수색 조치의 적절성 여부 등에 초점을 맞출 것으로 알려졌다. 감사원은 특히 사건 당일 이상의 합참의장과 김태영 국방장관이 사건 발생으로부터 각각 49분, 52분이 지나서야 첫 보고를 받은 점, 공군 전투기 편대가 사건 발생 1시간18분 뒤에야 현장에 출동한 점 등이 석연치 않다고 보고 있는 것으로 전해졌다.