이명박 정부의 출범과 함께 교육과학기술부가 탄생했다. 이전 정부에서 대학 영재교육원과 교육청 영재교육원, 이원적으로 운영되었던 영재교육원도 이제 단일화된 운영시스템으로 진행될 것으로 예상된다. 영재교육의 질과 커리큘럼이 '대학 영재교육원이 더 좋다' '교육청 영재교육원이 더 알차다' 하는 속설들은 옳지 않다. 다만, 교육청 영재교육원에 비해 대학 영재교육원이 더 희소하기 때문에 수업을 받고 있는 학생들의 수준이 높은 경향이 있다.
원칙적으로 대학, 교육청 상호간에 복수 지원을 불허하고 있으나, 선발 일정이 겹치지 않는 경우 복수 지원을 해서 동시에 합격하는 학생들이 상당수 있다. 하지만, 등록은 한 쪽만 가능하며 이 때문에 예비 합격자를 공지하는 해프닝도 벌어진다. 대학·교육청의 영재 교육 진행 상황은 매년 달라지고 있으며 아직 실험적인 단계라 볼 수 있다. 하지만 기본적인 큰 틀 안에서 운영되고 있으므로 매년 11월부터 해당 기관의 홈페이지를 수시로 들러 살펴보는 것이 학부모의 역할이라 생각한다.