교육부의 입장도 단호하다. 겉으로는 "원래 총장이나 교수들은 자유롭게 말하는 사람들 아니냐"며 태연한 척하지만 속으론 부글부글 끓고 있다. 실무선에선 "교육부가 동네북 신세가 됐다"는 자조에서부터 "본 때를 보여야 한다"는 응징론도 나온다.
교육부 관계자는 17일 "서울대가 정부 하는 일에 언제 박수친 적 있느냐"며 못마땅해 했다. 이 관계자는 '3불 정책 중 한두 개는 재고해야 한다'는 정운찬 총장의 발언에 대해 "그 분이 교육부 오면 그런 얘기 할 수 있겠냐. 각자 입장이 다른 것"이라고 말했다. 그는 이어 "서울대만 보고 정책을 펼 수는 없는 만큼 일일이 신경 쓰지 않겠다"고 말했다.
교육부는 의학전문대학원 전환 거부에 대해서도 언짢은 표정이다. 필요성을 누구보다 잘아는 데도 거부하는 것은 "지금도 최우수 학생이 들어오는데 뭐하러 전문대학원을 하느냐"는 '이기주의' 때문 아니냐는 것이다. 로스쿨 정원은 입법이 끝날 때까지 지켜본다는 입장이다. 교육부 관계자는 "정원 문제가 이슈가 되면 제도 자체가 흔들릴 수 있어 지금은 나설 때가 아니다"고 말했다.
교육부는 서울대의 총장 직선제 강행과 관련해서도 "구성원 과반수가 찬성하면 직선제를 해도 된다고 했는데 그게 무슨 자율 침해냐"고 불쾌해한다.
선관위의 총장 선거 관리에 대해서도 교육부는 "의원입법으로 한 것을 왜 교육부 보고 뭐라고 하느냐"고 말했다.