"비공개 협정을 (따로) 체결해 대한민국이 통일 후 이북 지역 청구권 문제를 제기하지 않을 것과 일본이 대한민국 통일 이전에 이북 지역 청구권 문제에 관하여 북괴와 구체적 교섭을 하지 않을 것을 상호 약속하는 방법 등을 고려할 수 있다. 그러나 일본측이 이에 응할지 의문이다."
공개 문서 중 1964년 3월 11일 외무부 훈령(2급 비밀)이다. 한·일 협상 당시 우리측은 북한에 대한 권리까지 모두 행사하려 했다. 헌법상 한국 영토이기 때문이다. 일본은 이를 거부했다. 만일 당시 한국이 비밀리에 북한 몫까지 협상했다면 지금 남·북 관계와 북·일 관계에 커다란 영향을 미쳤을 것이다.
북한 쪽 배상금 문제와 관련, 당시 우리 협상단은 "(북한 문제는) 명문으로 규정하지 않고 협정 체결 후 양국 정부가 자국민에 대하여 적절히 설명하도록 하는 방법밖에 없는 것 같다"고 결론짓고 있다.
한편 협상 대표단은 1965년 3월 29일자 2급 비밀 전문에서 "청구권 문제에 있어 3.2.1 변경되는 경우에는 각 (언론)사 데스크와 접촉하여 '김·오히라 메모 사실상 백지화'라는 표제로서 대대적인 PR(선전)을 하시기 바람"이라 돼 있다. '3.2.1'이란 김·오히라 메모에서 합의했던 '무상 3억달러, 유상 2억달러, 상업차관 1억달러'를 말한다. 이에 대해서는 외무부가 반대해 이뤄지지 않았다.