나. 특별법 시행일 전에 공소시효가 완성되지 아니한 경우
헌법이 소급입법을 절대 금지하고 있지 않은 사항에 관한 법률의 경
우에는 부진정소급효를 갖는 입법이 원칙적으로 허용되고 다만 소급효를
요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보
호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가할 뿐이다.

즉 공소시효제도에 근거한 개인의 신뢰와 시효연장을 통하여 달성
하려고 하는 공익을 비교형량하여 개인의 신뢰보호이익이 공익에 우선하
는 경우에는 부진정소급입법도 헌법적으로 정당화 될 수 없다.

특별법의 경우를 보면 반세기 헌정사의 흐름을 바로 잡아야 하는 시
대적 당위성과 아울러 집권과정에서 헌정질서 파괴범죄를 범한 자들을
응징하여 정의를 회복하여야 한다는 중대한 공익이 매우 큰 비중을 차지
한다.

반면 공소시효는 일정기간의 경과로 무조건 완성되는 것이 아니고 행
위자의 의사와 관계없이 언제든지 정지될수 있는 것이므로 아직 공소시효
가 완성되지 아니한상태에서 범죄행위자가 공소시효에 대하여 가지는 신
뢰는 일정시점에 이르러 반드시 공소시효가 완성되리라는 것에 대한 보장
이없는 불확실한 기대일뿐이며 따라서 공소시효에 의하여 보호될 수 있는
신뢰보호이익은 상대적으로 미약하다.

그러므로 특별법이 부진정소급효를 가지는 것인 경우에는 헌법에 위
배되지 않는다.

다. 특별법 시행일 당시 공소시효가 이미 완성된 경우.

(1) 합헌의견(재판관 김진우, 이재화, , 정경식)
법원의 판단에 따라 특별법이 진정소급효과를 갖는다고 하더라도 합
헌이다. 진정소급효는 원칙적으로 허용되지 않지만 신뢰가 보호할만한
가치가 없거나 지극히 적은 경우 소급입법을 통하여 달성하려는 공익에
매우 중대하여 예외적으로 신뢰보호의 이익에 우선하는 경우에는 예외적
으로 허용될수 있다.

물론 진정소급효에서 이러한 예외사유는 특별법과 같이 기본권의 침
해가 첨예하게 발생하는 신체의 자유에 대한 제한과 직결되는 입법에 있
어서는 더욱 엄격한 기준으로 판단하여야 한다.

우리 헌법은 자유민주적 기본질서를 근간으로 하는 가치지향적인 헌
법이다.

헌정질서파괴범은 일반 형사범의 경우와는 달리 헌법에 의한 보호를
호소하여 공소시효의 완성이후 형사소추를 받지 않으리라는 기대가 법치
국가적 신뢰보호원칙에 기초할 수 없다.

만일 자유민주적 기본질서가 헌법파괴범에게 혜택을 부여하여 법치
국가원칙과 그로부터 파생하는 신뢰보호원칙에 구속된다면 이는 대부분의
경우 혼자서 또는 교대로 장기집권할 가능성이 있는 내란세력을 사면하는
결과를 가져오고 이러한 결과는 자신의 가치를 수호하려는 가치지향적 헌
법과 부합될 수 없는 것이다.

특별법은 반란 및 내란행위로 헌법질서를 파괴하여 정권을 장악함으
로써 일반국민과 헌정질서파괴범죄행위자들 사이에 이미 발생한 형법집행
상의 불평등을 제거하고자 하는데 있기 때문에 평등의 원칙에 반하지 아
니한다.

특별법이 공소시효가 정지되는 것으로 보는 기간은 이 사건 헌정질서
파괴행위자들이 국가권력을 장악하고 있어 이들에 대한 소추권행사가 원
초적으로 불가능하였던 기간이다.

따라서 특별법은 국가의 태만으로 인하여 경과한 시효기간에 대해서
까지 시효의 진행을 정지시키는 것은 아니다.

특별법은 범행당시의 범죄구성요건 그대로를 타인과 마찬가지로 적용
한다는 것이므로 실질적으로도 새로운 범죄구성요건을 규정하는 것이라고
할수 있다.

결과적으로 이 사건 헌정질서 파괴행위자들에 대하여 국가가 실효적
으로 소추권을 행사할 수 있는 기간을 다른 일반국민들에 대한 시효기간
과 동일하게 맞춤으로써 이 사건 범죄행위로 초래되었던 불평등을 제거하
겠다는 것에 불과하고 범죄행위자들을 자의적으로 차별하는 것이 아니며
실질적 정의와 공평의 이념에 부합시키는 조치라고 할 수 있다.

(2) 위헌의견(재판관 , 김문희, 황도연, 고중석, 신창언)
진정소급효를 가지는 입법은 원칙적으로 허용되지 않으며 신뢰를 보호
할만한 가치가 없거나 지극히 적은 반면 소급입법을 통하여 달성하려는 공
익이 매우 중대한 아주 예외적인 경우에만 허용된다.

특히 소급효가 신 체의 자유에 대한 제한과 직결되는 입법에서는 소급
효를 요구하는 공익에 대하여 부진정소급효가 경우에 있어서의 신뢰보호의
요청과 서로 비교형량하는 단순한 공익상의 사유보다도 훨씬 엄격한 조건
이 적용되지 않으면 안된다.

행정법의 영역에서와 달리 형사법의 영역에서의 소급입법은 바로 생
명 또는 신체의 자유와 직결되는 것이기 때문에 우리 헌법은 적어도 범죄
구성요건과 형량이라는 실체법에 관한한 어떠한 공익상의 이유도 개인의
신뢰보호의 요청과 법적안정성에 우선할수 없다는 절대적 소급효금지를
천명하고 있다. 그러므로 소급효의 문제는 신뢰보호를 요청하는 법익이
무엇이냐에 따라 구분하여 서로 다른 척도에따라 다르게 판단되어야 한다.

공소시효에 대한 피의자의 입장을 대변하는 신뢰보호원칙이나 법적
안정성의 관점에서 보면 공소시효 완성후 소추가능성을 뒤늦게 살아나게
하는 것은 형벌을 사후적으로 가능하게 하는 범죄구성요건을 제정하는 것
과 결과적으로 형벌에 미치는 사실적 영향의 측면에서 차이가 있을수 없
다.

비록 공소시효규정을 절차법적으로 이해한다 하더라도 적어도 공소시
효가 완성된 경우에 국가에서 다시 소급적으로 소추가능성을 부여하는 것
은 그 효과에서 가벌성의 소급효과와 같은 것으로 보아야 한다.

따라서 공소시효가 완성된 이상 그에 따른 법적 지위를 사후적으로
침해하는 것은 헌법상 받아들일수 없는 것이다.

법치주의원칙은 법적 안정성의 요청 뿐만 아니라 실질적 정의의 요청
을 모두 포함한다.

이러한 이유에서 헌정질서의 파괴와 집권과정에서의 반인륜적인 법죄
행위에 대한 청산을 통한 정의회복의 요청이 헌정질서파괴범에 대한 처벌
을 요구하므로 특별법 제2조가 진정소급효를 가지는 규정이라 하여도 이
는 헌법적 차원에서 허용되어야한다는 주장도 있다.

그러나 헌정질서파괴범죄를 처벌함으로써 자유민주적 기본질서를 지
키려는 의지도 우리 헌법의 테두리 안에서 법치주의 내지 적법절차의 원
리에 따라 이뤄져야 한다.

따라서 위 조항은 특별법 시행일 전에 동법 소정의 범죄행위에 대한공
소시효가 이미 완성된 경우에도 적용하는 한 헌법에 위반된다.