6300억원 규모의 법인세 반환을 놓고 미국 마이크로소프트(MS) 측과 한국 세무당국이 벌인 소송이 ‘특허권 사용료’에 저작권이나 노하우 등 무형자산에 대한 사용료도 포함되는지를 두고 다시 다투게 됐다.
대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 경정거부처분 취소소송 상고심에서 “국내에 등록되지 않은 해외 특허권에 대한 사용료는 원천징수 대상이 아니다”라고 판단하면서도, 원심 판결이 ‘특허권 사용료에 원천징수 대상이 될 수 있는 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등 사용대가가 포함돼 있다’는 세무당국 주심을 심리하지 않은 잘못이 있다며 파기환송했다.
사건은 지난 2011년 MS가 삼성전자와 맺은 특허 사용권·사용료(로열티) 계약에서 시작됐다. MS는 지난 2011년 삼성전자와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업에 필요한 특허 사용권을 허락했고, 삼성전자는 2012~2015년까지 특허권 사용료를 지급했는데 ‘원천징수’ 부분이 쟁점이 됐다.
삼성전자는 특허료가 국내원천소득에 해당한다고 판단해 한미조세협약에 따라 전체 특허권 사용료 4조3582억 원의 15%에 해당하는 6537억 원을 법인세로 원천징수해 동수원세무서에 납부했다. 원천징수 납부 이후 나머지 차액만 MS라이센싱 계좌로 지급했다.
그러자 MS는 2016년 동수원세무서에 ‘특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득 대상이 아니므로 원천징수 세액을 환급해야 한다’는 경정청구를 냈다. 경정 청구는 과다 낸 세액을 바로잡아달라는 요청이다.
MS는 전체 특허 대부분이 국내에 등록되지 않았다며 앞서 납부한 세액 6537억 원 중 6344억 원을 돌려달라고 요구했다. 그러나 세무당국은 MS의 요청을 거부했고, MS는 2017년 소송을 제기했다.
1·2심은 MS 측의 손을 들어줬다. 1심 재판부는 한미조세조약을 적용하면 MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료는 국내 원천소득으로 볼 수 없다며, MS가 경정청구한 6344억 원 중 6337억 원을 돌려줘야 한다고 판단했다. 다만 법원은 특허권 사용료를 지급받은 주체가 MS가 아니므로 경정 청구권은 MS라이센싱에게만 있다고 봤다. 2심은 양측의 항소를 모두 기각하고 1심 판단을 유지했다.
대법원은 지난 2019년 9월 사건을 접수해 2년 넘게 심리를 진행해왔다. 대법원도 이날 “미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내(한국)에 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 이와 관련해 받은 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없다”고 판단하며 원심 판단이 정당하다고 봤다.
다만, 대법원은 원심 판결이 ‘사용료 지급대상 무형자산에 저작권과 기술 등이 포함되는지 여부가 법원의 심리대상인지’에 대해 심리하지 않은 잘못이 있다며 파기환송했다. 삼성전자가 MS측에 전달한 사용료에 특허권 사용료 외 기타 노하우 등 무형자산에 대한 사용료가 있다면, 원천징수대상이 될 수 있다는 세무당국 주장도 따져보라고 판단한 것이다.
