문재인 대통령은 14일 신년 기자회견에서 윤석열 검찰총장에 대한 질문을 여러 번 받았지만, 윤 총장 해임이나 징계를 거론하지는 않았다. 그러나 "검찰이 초법적 권한을 누렸다" "선택적 수사는 신뢰를 잃을 것이다" "인사에 대한 역행은 안 된다"며 강한 경고 메시지를 보냈다. 반면 조국 전 법무장관에게는 "고초를 겪었다. 마음의 빚을 졌다"고 애정을 보였다.
문 대통령은 "검찰이 어떤 사건에 선택적으로 열심히 수사하고, 어떤 사건은 제대로 수사하지 않는다면 국민에게 수사의 공정성에 대한 신뢰를 잃게 될 것"이라고 했다. 현재 권력이든 과거 권력이든 검찰 수사가 공정해야 하는데, 지금 검찰은 현재 권력에 대해서만 '선택적' 수사를 한다는 뜻으로 해석됐다.
그러나 '선택적 수사'를 지시한 당사자가 문 대통령이라는 지적도 나온다. 문 대통령은 2017년 방산 비리 척결을 시작으로 박찬주 대장 갑질 의혹 사건, 기무사 계엄령 문건, 강원랜드 채용 비리 사건 수사를 직접 언급했다. 작년에는 김학의, 장자연, 버닝썬 사건에 대해 "공소시효가 지난 일도 사실 여부를 가리라"고 수사 방향까지 제시했다. 그랬던 문 대통령이 현재 청와대 감찰 중단, 울산시장 선거 개입 사건 등을 수사하는 검찰에 "선택적으로 수사하고 있다"며 문제를 제기한 것이다. 문 대통령은 작년 방송 토론에서 '대통령의 개별 사건 수사 지시는 위법'이라는 지적에 대해 "적폐 수사나 재판은 우리 정부가 아닌 앞 정부에서 시작했다"고 했었다.
문 대통령은 "검찰 수사권이 존중돼야 하듯 법무부 장관과 대통령의 인사권도 존중돼야 한다"고 했다. 그러나 문 대통령은 2012년 대선을 앞두고는 "대통령과 청와대가 검찰 수사와 인사에 관여했던 악습을 완전히 뜯어고치겠다"며 "대통령에게 주어졌던 검찰총장 임명권을 국민들에게 돌려 드리겠다"고 했었다. 문 대통령은 이날 회견에서 "과거에는 장관과 총장이 선후배였던 시기에 서로 편하게 밀실에서 의견 교환이 이뤄졌을지 모르겠다. 그런 일이 있었다면 그야말로 초법적 권한, 권력을 누린 것"이라고 했다.