검찰은 패스트트랙(신속 처리 안건)으로 지정된 검경 수사권 조정안이 시행될 경우 국민의 인권이 침해된다고 하고 있다. 경찰이 1차 수사 개시권과 종결권을 모두 갖게 되면 자의적인 수사가 가능해지고 공정한 수사가 이뤄지지 않아 국민에게 피해로 돌아온다는 것이다. 문무일 검찰총장이 4일 귀국길에서 "어떤 경우에도 국민의 기본권 보호에 빈틈이 생기는 경우가 없어야 한다고 생각한다"고 말한 것도 바로 이를 염두에 둔 발언이라고 한다.
그러나 검찰은 그동안 무소불위의 수사권과 독점적인 기소권을 앞세워 그 어떤 국가 기관보다 국민 인권을 침해해왔다는 지적을 받고 있다. 특히 검찰 권력의 유지를 위해 정권 입맛에 맞는 수사를 한 사례는 수십 년간 이어졌다. 문재인 정부 들어서는 적폐 수사라는 명목의 하명(下命) 수사를 해왔고 이 과정에서 수사를 받는 사람의 인권이 침해되는 사례가 많았다는 것이다.
사실상 첫 적폐 수사였던 '국정원 댓글 사건 재수사'에서는 수사를 받던 피의자 두 명이 스스로 목숨을 끊었다. 국정원 소속 정모 변호사와 현직 검찰 간부였던 변창훈 차장검사는 2013년 검찰의 댓글 수사를 방해했다는 혐의를 받았다. 수사 과정에서 피의 사실이 언론 등을 통해 흘러나가자 이들은 극단적인 선택을 했다. 변 검사는 죽기 직전 지인에게 "검찰이 내게 이럴 줄 몰랐다"고 하기도 했다.
세월호 참사 당시 유가족들을 사찰했다는 혐의로 수사를 받던 이재수 전 국군기무사령관도 지난해 12월 투신해 숨졌다. 이 전 사령관은 법원에 영장실질심사를 받기 위해 출석할 때 수갑을 찬 상태로 포토라인에 서야 했다. 검찰은 '관행'으로 치부했지만 '무죄추정원칙'을 무시한 명백한 인권 침해였다. 방산 비리 의혹을 받던 한국항공우주산업(KAI)의 한 간부도 2017년 9월 스스로 목숨을 끊었다.
검찰은 비판이 이어지자 지난해 7월 대검에 인권부를 만들었다. 하지만 변한 게 없다는 것이 법조계 일반적인 의견이다. 사법행정권 남용 의혹 수사에서도 피의 사실 공표와 포토라인 세우기 등 전형적인 검찰의 인권 침해가 줄어들지 않았다는 것이다.