'반도체 사관학교'로 불리는 반도체시스템공학과는 2006년에 성균관대와 삼성전자가 공동으로 세운 계약학과다. 전자·전기 분야 각종 신기술과 융합해 첨단 반도체 분야 학문 발전을 선도하고, 반도체 산업 기술 수요에 부응할 반도체 맞춤형 고급 기술 인력 양성을 목표로 하고 있다.
반도체시스템공학과는 삼성전자와 삼성디스플레이의 임원과 반도체시스템공학과 전임교수로 구성된 운영위에서 교육과정과 운영 사항을 논의한다. 따라서 반도체 업계의 최신 동향에 따른 산업체 수요를 탄력적으로 반영해 이론과 실습 교육과정을 편성한다. 전자공학과 컴퓨터공학 등 기초 소양을 갖추면서 첨단 반도체 시스템 개발을 위한 이론과 설계를 중점적으로 특성화해 교육과정을 구성했다.
1학년 때는 미적분학, 물리, 화학 등 전공 교육을 대비한 기초과목 교육을 실시하며, 2학년 이후로는 현장 실습이나 프로젝트 수행에 많은 시간을 할애해 졸업 이후 실무에 빠르게 적응하도록 하였다. 2학년 2학기 이후에는 학생 적성과 관심에 맞는 분야의 핵심 과목을 이수할 수 있도록 4개 트랙(시스템 소프트웨어·하드웨어 아키텍처 설계·집적회로 설계·디스플레이) 학습 가이드 라인을 제공한다.
국제어 강의 및 교환 학생 프로그램도 운영한다. 학부 차원에서도 해외 우수 대학과 학생 교환 협정이 체결돼 있어 재학생들이 교환 학생 프로그램에 참여할 기회가 많다. 작년까지 반도체시스템공학과 졸업생의 86%가 삼성전자에 입사했다.