2012년 세종시가 출범했지만, 세종시에서 일하는 중앙부처 공무원들과 충청권 주민들은 "정부와 정치권이 세종시를 만들어 놓고 나서는 홀대한다"며 불만을 드러내고 있다. 대표적인 것이 행정자치부에 대한 불만이다. 행자부는 우리나라 공무원의 복리와 후생, 처우 등을 담당하는 중앙부처다. 서울·대전·과천·세종에 있는 정부청사 관리도 맡고 있다. 그런데 행자부는 세종시가 아닌 서울에 있다. 세종시의 어려움과 문제점을 고쳐야 하는 부처가 서울에 있다 보니 자신들의 어려움을 제대로 알 리 없고, 문제점도 고쳐지지 않고 있다는 게 세종시 공무원들의 불만이다. 올해 1월 행자부가 세종시에 있는 각 부처에 "매일 서울과 세종시 사이를 운행하는 공무원 통근 버스를 7월부터 월요일 아침과 금요일 저녁에만 운행한다"고 공지했다. 그러자 "서울을 떠나 있는 것도 서러운데 버스까지 없애나" "행자부가 서울이 아닌 세종시에 있으면 이런 결정을 내렸겠나"는 등 세종시 공무원들의 분노가 폭발했다. 이 때문에 행자부는 계획을 철회했다.
세종시에는 행자부 소속 정부세종청사관리소 직원이 내려가 있기는 하다. 하지만 직원 수는 행자부 전체 인원 2588명 가운데 10%도 되지 않는 188명 정도에 불과하다. 행자부는 "이들을 통해 문제점을 파악하고, 지속적으로 해결하고 있다"고 하지만, 그들의 역할은 주로 청사를 관리하는 데 그친다. 나머지 세종시에 대한 전반적인 관리는 행정중심복합도시건설청(행복청)이 담당한다. 하지만 행복청은 국토교통부 산하 외청(外廳)이다. 이 때문에 정부가 차관급 기관인 행복청에 세종시 문제를 떠넘기고 있다는 비판도 나온다.
세종시에 대한 정치권의 무관심도 제기된다. 세종시 탄생을 주도했던 현재의 야당과 세종시를 행정 도시가 아닌 기업 도시로 바꾸자는 안에 반대했던 현 여당의 주요 인사들은 세종시 현안에 대해 대부분 침묵하고 있다. 출신 지역별로 철저히 이해관계가 나뉘어 있기 때문이다. 박근혜 정부 출범 후 새로 생겨난 미래창조과학부 이전이 대표적인 예다. 미래부는 출범 후 정부 과천 청사에 자리 잡았다. 세종시와 충청권 인사들은 "미래부도 세종시로 내려와야 한다"고 강하게 주장하고 있다. 하지만 과천시와 경기도 주민들은 지역 상권과 집값 등을 고려해 미래부는 과천에 남아야 한다고 맞서고 있다.