감사원은 17일 현 정부의 최대 역점 사업인 4대강 감사 결과를 발표하며, 보·수질·보수 등 사업 전반에서 부실이 발견됐다고 밝혔다. 감사원의 4대강 감사는 이번이 두 번째다. 2010년 이뤄진 1차 감사에서는 '공사비 5119억원이 낭비될 우려가 있다'는 정도의 문제를 지적했을 뿐, 사업 타당성 등에 대해서는 별문제가 없다는 결론을 내렸다.
감사원이 정권 교체기에 정치적으로 민감한 사안에 대해 감사를 벌인 것은 이번이 처음이 아니다. 감사원은 2008년 상반기에 지방교부세 특감을 벌였다. 당시 지방교부세의 배정과 집행이 잘 되고 있는지를 점검하는 차원이라고 밝혔지만, 교부금 25억원이 배정된 '봉하마을 특감'이라는 지적이 있었다.
김대중·노무현 정부 당시 허술하게 관리되고 있다는 비판이 끊이지 않았던 남북협력기금에 대한 감사도 마찬가지였다. 2006년 국정감사에서 당시 전윤철 감사원장은 한나라당 의원들이 남북협력기금에 대한 감사를 요청하자 "남북협력기금에 대해 모니터링을 철저히 해 감사로 접근할 사항이 있으면 감사하도록 하겠다"고 했다. 그러나 이후 감사원은 '남북협력기금엔 고도의 정치적 행위 성격이 있다'는 이유를 들어 노무현 정부 때는 감사를 하지 않았다. 그러다가 정권이 바뀐 2008년 남북협력기금에 대한 특감에 착수했다. 정권 초마다 이뤄지는 감사원의 방송사 감사도 정권의 방송사 '길들이기'라는 지적이 많다.
감사원이 2003년 진행한 대북 송금 사건 감사도 '정권 눈치 보기 감사'라는 비판을 받았다. 감사원은 당시 감사 결과를 발표하며 "현대상선이 북한으로 송금한 수표 26장에 배서한 6명의 신원을 확인할 수 없었다"고 했다. 그러나 이후 특별검사의 수사 과정에서 6명 가운데 1명이 외환은행 직원이라는 사실이 드러나자 뒤늦게 "외환은행 직원이라는 사실은 알고 있었다"고 말을 바꿨다. 감사원의 이런 행태에 대해 당시에도 국정원과 그 윗선으로 사태가 번지는 것을 원하지 않는 노무현 정권을 의식해 감사원이 감사 결과를 은폐했다는 비판이 나왔다.