해병대사령부가 모체(母體)가 된 서방사 창설의 가장 큰 취지 중 하나는 지난해 11월 북한의 연평도 포격 도발 대응 과정에서 불거진 육·해·공군 및 해병대 간의 합동성 문제를 해결하는 것이었다. 하지만 해군 및 해병대 간의 이견과 갈등 등으로 서방사 출범을 전후해 여러 문제가 불거졌다.
지난 8월 북한군의 연평도 서해 NLL(북방한계선) 인근 포격 도발 때 해군과 해병대 간의 작전구역 문제 때문에 지휘체계 혼선이 빚어진 것이 대표적인 예다. 평상시와 저(低)강도 도발 시 서북도서 및 해안 2km 이내 방어는 서방사가 주도하고 해군 2함대가 지원하지만 해안 2km 밖 해역 방어는 해군 2함대가 주도하고 서방사가 지원하는 것으로 돼 있었다. 당시 해안에서 2km 이상 떨어진 NLL 인근에 대응 포격을 했는데 K-9자주포로 포격을 한 것은 해병대였지만 해군 작전구역이어서 대응 수위 결정과 조치가 늦어졌다는 것이다. 국회 국방위 소속 민주당 신학용 의원은 "해병대가 주축인 서방사와 해군 2함대가 작전 지휘를 둘러싸고 신경전을 벌였다"고 지적했다.
이에 따라 합참은 지난해 11월 연평도 포격 도발 등 북한 지상에서의 해안포, 다연장로켓 도발에 대해선 서방사가 주도적으로 대응하고, 해군은 함정 등에 의한 해상 도발에 대해 주도적으로 대응하는 것으로 지난 9월 작전 지침을 수정했다.
하지만 아직도 해병대가 서북도서 방어 및 상륙작전을 주도하는 것에 대해 군내 이견과 갈등이 적지 않다는 평가다. 최근엔 대형 상륙함인 독도함 등에 탑재될 상륙 기동헬기 40대의 운용권을 놓고 해군과 해병대가 갈등을 빚고 있다. 상륙 기동헬기는 해병대가 입체적인 상륙작전을 벌이기 위해선 필수적인 장비이지만 해병대는 아직 한 대의 상륙 기동헬기도 갖고 있지 않다. 오는 2016년까지 40대의 상륙 기동헬기가 도입되는데 해군은 한 대도 해병대에 넘길 수 없다는 입장을 고수하고 있다. 해군 관계자는 "상륙작전은 해군 주요 작전의 하나로 지금까지 상륙훈련을 해군에서 계속 지원해왔기 때문에 해군에서 상륙 기동헬기를 관리하고 지원하는 것이 효율적"이라고 말했다.