감사원이 지난 7월부터 9월까지 96개 대학에 대한 등록금 감사를 진행하면서 주요 사립대들을 대상으로 부정 입학 여부를 집중 조사한 것으로 알려졌다. 대학들이 기부금을 받고 학생을 뽑아주는 '기여(기부금)입학제'를 시행했는지를 파악한 것이다.

감사원은 이번 대학 감사에서 감사원 인력 399명(감사원 감사인력의 67%)을 투입했다. "감사원 개원 이래 최대 규모의 감사였다"고 감사원은 밝혔다. 25일 감사원과 대학들에 따르면, 감사원은 3개월에 걸쳐 실시한 감사에서 건국대·경희대·고려대·서강대·성균관대·연세대·이화여대·중앙대·한국외대·한양대 등 사립대학들의 '기여입학제' 조사에 주력했다.

예컨대 A대학 감사에서는 최근 4년간 이 대학에 입학한 신입생 전원의 주민등록번호를 제출받으면서, 동시에 최근 이 대학에 기부한 사람들의 주민등록번호를 함께 요청했다. 주민등록번호를 비교하면 부자(父子) 관계 등 학생과 기부자 간 친인척 여부를 판단할 수 있기 때문이다. 이 과정에서 감사원이 10만건 이상의 학생 주민등록번호를 요청한 것으로 대학들은 추정하고 있다. 감사원은 "기여입학제를 실시한 대학이 적발됐는지는 최종 감사 발표 때 밝혀질 것"이라고 말했다. 일부 대학들의 반발도 심각했던 것으로 알려졌다. B대학 교수는 "감사원이 대학을 범죄집단처럼 대했다"고 말했다.

일부 대학은 자료 제출을 거부해 감사가 한때 차질을 빚기도 했다.

감사원과 주요 대학 간 갈등이 커지자 한때 주요 사립대 총장들이 감사원에 공동 대응하는 움직임을 보였다.

지난달 일부 대학 총장들이 모여 "감사원이 사립대를 감사할 수 있는 법적 근거는 정부가 예산을 지원했다는 점인데, 이번 감사는 회계감사뿐 아니라 입학 실무 등 대학 업무 전반에 대한 직무감사로 실시됐다"면서 "이는 법적 근거가 없는 감사이고 위헌 소지 있다"고 밝혔다. 실제로 4~5개 대학은 공동 기자회견을 열고 헌법재판소에 헌법소원을 제기하는 방안을 검토하기도 했다.

이번 감사에서 대학 교직원들의 비리·횡령도 다수 포착된 것으로 알려졌다. 감사원 관계자는 "일부 대학에서 교수비 횡령, 교직원의 학교 공금 유용 등 전형적인 비리를 다수 적발했다"며 "해당 교직원들을 검찰에 고발할 방침"이라고 말했다.

지방 C대학의 경우 교직원은 산학협력단에서 근무하면서 100차례에 걸쳐 수십억원대의 연구보조비를 횡령했고, 서울 D대학 공대 교수는 대학원생들의 인건비 수억원을 빼돌려 썼다고 감사원은 밝혔다.

감사원은 대학들에 대한 종합감사 결과를 내달 3일쯤 발표할 예정이다. 대학 총장들은 감사원 발표 다음 날 모여 감사원에 대한 입장을 발표하기로 했다. 

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