검찰이 중수부 수사권 폐지에 반발하는 것은 검찰총장의 일선 검사에 대한 지휘·감독권 상실과 직결된다는 우려 때문이다. 검찰총장은 검사 인사권이 없고 법무부 장관에게 인사에 관한 의견을 낼 수 있을 뿐이다. 일선 검사에 대한 인사권을 주지 않는 대신 총장 직할기구인 중수부에 수사권을 준 것인데, 수사권마저 뺏긴다면 총장이 일선 검사들에게 아무런 영향력도 행사할 수 없는 허수아비가 될 수밖에 없다는 것이다.

그동안 정치권은 기소권을 독점한 검찰을 견제해야 한다는 이유로 중수부 폐지 등을 단골메뉴로 꺼냈었다. 검찰도 일부 잘못된 수사와 '스폰서 검사' 같은 내부 비리로 이에 대한 빌미를 제공한 측면도 있다. 특히 2009년 노무현 전 대통령이 중수부 수사를 받다가 자살하면서 피의사실 공표 등이 문제가 됐고 중수부는 최대 위기를 맞았다. 또 작년 말부터 검찰이 청원경찰 입법로비(청목회) 사건 등 국회의원 소액 후원금에 대해 수사하면서 여야(與野)가 검찰권을 제한해야 한다는 데 의기투합한 측면도 있다.

검찰 관계자는 "중수부 대신 일선 검찰청이 수사하게 되면 승진을 바라보는 일선 검찰청장이 정치권의 외압에서 자유로울 수 없을 것"이라며 "일선 검찰청이 검찰총장에게 보고하지 않고 정치권이나 청와대에 직접 보고하는 일이 생길 수도 있어 검찰이 정치적 중립을 잃게 되고 권력형 비리나 대형 부정부패 수사가 더욱 위축될 수밖에 없다"고 말했다.

검찰은 중수부 설치 근거는 '대검 사무기구에 관한 규정'이라는 대통령령으로 국무회의 의결사항이지 국회가 다루는 법률사항이 아니라는 주장도 하고 있다. 검찰 관계자는 "중수부의 수사 대상은 정치인, 고위 공직자, 재벌 등 권력층이었다"며 "중수부 폐지로 이득을 보는 사람은 서민이 아닌 그들"이라고 꼬집었다.