2007년 남북 정상회담과 관련해 '삭제된 회의록'과 '유출된 회의록'은 일부 호칭·명칭·말투와 분량만 차이가 있고, 담고 있는 내용의 본질에는 큰 차이가 없다고 검찰은 밝혔다.

그동안 가장 논란이 됐던 NLL(서해 북방한계선)에 대한 노무현 전 대통령 발언은 삭제된 회의록에는 '내가 임기 동안에 NLL 문제를 다 해결하게…'로 돼 있었지만, 유출된 회의록에서는 '내가 임기 동안에 NLL 문제는 다 치유가 됩니다'로 수정됐다. 검찰은 "'해결'이 '치유'로 변경된 것은 회의록을 만든 국정원이 실제 녹음된 내용에 따라 고친 것으로 확인됐다"고 했다.

삭제된 회의록에는 정상회담 때 실제로 쓴 호칭·명칭·말투가 생생하게 남아있다. 노 전 대통령은 김정일 국방위원장을 '위원장님' '위원장님께서'라고 높여 부르며, 자신은 '저' '여쭤보고'라며 낮춰 말했다. 유출된 회의록에선 '위원장님'의 '님'이 떨어졌다. '저'는 '나', '여쭤보고'는 '질문하고'로 각각 바뀌었다.

또 김 위원장이 반말로 하대(下待)하는 듯한 표현도 고쳐졌다. 김 위원장이 '그건 반대 없어' '하지 뭐' '되겠어'라고 말한 것으로 삭제된 회의록에 기재된 부분이 유출된 회의록에서는 '그건 반대 없어요' '하지요 뭐' '되겠어요'로 달라졌다.

삭제된 회의록 분량은 98쪽이었지만, 유출된 회의록에서는 분량이 103쪽으로 늘어났다. 녹음파일을 다시 들으면서 처음에는 없었던 내용을 추가·보완한 것이다.

검찰은 또 삭제된 회의록에 대해 "가사(假使·가정하여 말해서) 초본(草本)이라고 하더라도 대통령기록관에 보존하지 않고 파기할 법적 근거가 없다"며 삭제 행위를 불법으로 규정했다.