갑오개혁에 따라 1895년 3월 '재판소 구성법'이 제정·공포됐다. 이로써 한성재판소를 1심으로, 고등재판소를 종심(終審)으로 하는 2심제가 시행됐다. 근대적 사법제도가 시행된 것이다. 이후 고등재판소는 1899년 평리원으로 이름을 바꿨다.

판결문 형식도 현재 형태와 유사하다. 판결 요지-판결 이유 방식이다. 또 한성재판소는 판사 1명(지금의 단독판사), 고등재판소(평리원)에서는 재판장 1명과 판사 2명(현재의 합의부)이 재판했다. 판사 1명이 줄거나, 예비판사 2명이 추가된 경우도 있었다.

오늘날과 비슷한 3심제는 1907년 12월에 도입됐다. 복잡한 사건은 '지방재판소→공소원(控訴院)→대심원(大審院)', 간단한 사건은 '구재판소→지방재판소→대심원'의 절차를 각각 밟도록 했었다.

사법권이 행정권으로부터 완전히 독립한 것은 1908년 7월이었다. 그 전에는 군수가 판사도 겸하는 '원님 재판'이 남아 있었다는 이야기다. 이후 1909년 10월 일본의 통감부(統監府)에 사법권을 빼앗기면서 대심원은 고등법원으로 이름이 바뀌었다. 일본 본토의 최고재판소 이름과 같다는 이유였다. 명목상 3심제를 유지했지만 사실상 지위가 격하된 셈이다.